PadChest: Un gran conjunto de datos de imágenes de rayos X de tórax con informes anotados de etiquetas múltiples

Presentamos un conjunto de datos etiquetados a gran escala y de alta resolución de radiografías de tórax para la ex-ploración automatizada de imágenes médicas junto con sus informes asociados. Este conjunto de datos incluye más de 160.000 imágenes de 67.000 pacientes que fueron interpretadas e informadas por radiólogos en el Hospital San Juan (España) desde 2009 hasta 2017, cubriendo seis vistas de posición diferentes e información adicional sobre la adquisición de la imagen y la demografía del paciente.

Los informes se etiquetaron con 174 hallazgos radiográficos diferentes, 19 diagnósticos diferenciales y 104 localizaciones anatómicas organizadas como una taxonomía jerárquica asignada a la terminología estándar del Sistema de Lenguaje Médico Unificado (UMLS). Un 27% de los informes fueron anotados manualmente por médicos entrenados y el conjunto restante fue etiquetado utilizando un método supervisado basado en una red neuronal recurrente con mecanismos de atención.Las etiquetas generadas fueron validadas, alcanzando una puntuación de 0,93 Micro-F1 utilizando un conjunto de pruebas independiente.

Hasta donde sabemos, ésta es la primera base de datos pública de radiografías de tórax anotada con el mayor número de etiquetas diferentes adecuadas para el entrenamiento supervisado sobre radiografías, y la primera en español que contiene informes radiográficos.

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Los datos fueron recopilados en el Hospital Universitario de San Juan de Alicante entre 2009 y 2017, anonimizados por el Banco de Imágenes Médicas de la Comunidad Valenciana (BIMCV) y curados para investigación biomédica. Los informes radiológicos fueron anotados mediante una combinación de revisión médica experta y métodos supervisados de inteligencia artificial, con etiquetas mapeadas a la terminología estándar UMLS.

Type
Temporal coverage
Temporal coverage 1
Start
May 3, 2007
End
November 17, 2017
Temporal resolution
Spatial coverage
Spatial coverage 1
URI
http://data.europa.eu/nuts/code/ES52
Label
Comunitat Valenciana
Geometry
Bounding Box
Centroid
Spatial resolution in meters
Access rights
Other identifier
    Theme
      Language
      1. Spanish
      Documentation
        Conforms to
          Is referenced by
            Analytics
              Applicable legislation
                Has version
                  Code values
                    Coding system
                      Purpose
                      1. Apoyar la investigación y el desarrollo de la inteligencia artificial, machine learning y métodos de visión computarizada para la interpretación automatizada de radiografías de pecho.
                      Health category
                      1. Medical Imaging
                      2. Radiology
                      3. Diagnostic Imaging
                      Health theme
                      1. Medical Imaging
                      Legal basis
                        Minimum typical age
                        Maximum typical age
                        Number of records 168861
                        Number of records for unique individuals. 67000
                        Personal data
                          Publisher note
                            Publisher type
                              Trusted Data Holder No
                              Population coverage
                              1. Pacientes de la Comunitat Valenciana sometidos a estudios de radiografía de tórax.
                              Retention period
                              Health data access body
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